微生物测序--多组学研究结合

123文献解析1、不同年龄和地域人类肠道菌群的变化[1]Nature 2012 IF：41.456关键词：肠道微生物；人粪便；扩增子；宏基因组；菌群功能肠道微生物群体是人类遗传和代谢多样性的一种来源。为了研究肠道菌群在人类群体间的差异，该研究用16S 的方法鉴定了531 个人粪便样品的细菌物种组成，其中110 个样品用宏基因组的方法分析了基因成分。在拉丁美洲委内瑞拉亚马逊地区、非洲东南部马拉威乡村、美国大都市三个地区选取了健康的儿童和成人，其中包括同卵、异卵双胞胎。研究发现，三类群体，0 到3 岁肠道菌群功能变化的趋势相同，其中维生素生物合成和代谢相关的基因随年龄变化的特征也相同。美国居民与另外两个国家细菌组成和功能基因集明显不同，在婴儿期和成人期差别都很明显。研究结果进一步表明在研究人体发育、营养需要、生理变化、西化影响的时候，需要考虑微生物群落变化的作用。图2 每类群体细菌多样性均随年龄增长而增加图3 三类群体中婴儿粪便微生物功能差异参考文献[1] Yatsunenko T, Rey F E, Manary M J, et al. Human gut microbiome viewed across age and geography [J]. Nature, 2012, 486(7402): 222-227.宏基因组结合宏转录组环境微生物群落是一个复杂的体系，物种和基因组成是其结构基础，群落生理生化功能的实现，则需经历基因表达和修饰的过程。宏基因组和宏转录组作为研究环境微生物群落的两种重要技术，各有独特的优势和局限。宏基因组和宏转录组结合的方法，可以在DNA和mRNA层面同时进行研究，实现双重角度相互印证，为全面解析环境微生物群落中的重要物种和基因信息提供了一种有效手段。4567