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基因组版本转换工具 -- CrossMap简介

来源：华佗小知识

Why CrossMap?

基因组测序往往是一个连续性的工作，后续的版本会对之前的版本进行修正和更新，这就造成了版本间碱基坐标的差异。研究人员常常需要将根据旧基因组版本分析的结果转换到新的版本，如 hg19 -->> hg38 。

pipeline

pip install crossmap
conda install -c bcbio crossmap

python CrossMap.py bed hg18ToHg19.over.chain.gz test.hg18.bed3