员工在部门工作，如果是正式录用或者被聘用的，应当与该部门签劳动合同；如果是被派遣到该部门工作的，则应当与派遣单位签订劳动合同，派遣单位则与部门订立劳务派遣协议。
法律依据
《中华人民共和国劳动合同法》第二条
中华人民共和国境内的企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织（以下称用人单位）与劳动者建立劳动关系，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，适用本法。
国家机关、事业单位、社会团体和与其建立劳动关系的劳动者，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，依照本法执行。
《中华人民共和国劳动合同法》第五十
劳务派遣单位是本法所称用人单位，应当履行用人单位对劳动者的义务。劳务派遣单位与被派遣劳动者订立的劳动合同，除应当载明本法第十七条规定的事项外，还应当载明被派遣劳动者的用工单位以及派遣期限、工作岗位等情况。
《中华人民共和国劳动合同法》第五十九条
劳务派遣单位派遣劳动者应当与接受以劳务派遣形式用工的单位（以下称用工单位）订立劳务派遣协议。
