法律分析：实际操作上，是由合同持有双方(转让方、受让方)分别向各自主管税务机关缴纳。个别情况下，税务机关可以要求其中一方对另一方代扣代缴，或由第三方代扣代缴 。
法律依据：《中华人民共和国印花税法》
第三条 本法所称证券交易，是指转让在依法设立的证券交易所、批准的其他全国性证券交易场所交易的股票和以股票为基础的存托凭证。
证券交易印花税对证券交易的出让方征收，不对受让方征收。
第六条 应税合同、产权转移书据未列明金额的，印花税的计税依据按照实际结算的金额确定。
计税依据按照前款规定仍不能确定的，按照书立合同、产权转移书据时的市场价格确定；依法应当执行定价或者指导价的，按照国家有关规定确定。
第七条 证券交易无转让价格的，按照办理过户登记手续时该证券前一个交易日收盘价计算确定计税依据；无收盘价的，按照证券面值计算确定计税依据。
