法律分析:
企业搬迁应分为性搬迁与非性搬迁两种情况进行不同的税务处理：
一、性搬迁
企业性搬迁，是指由于社会公共利益的需要，在主导下企业进行整体搬迁或部分搬迁。
1、土地使用权补偿费：
(1)不征。
(2)依据是《关于全面推开营业税改征试点的通知》(财税[2016]36号)附件3：“一、下列项目免征(三十八)土地所者出让土地使用权和土地使用者将土地使用权归还给土地所有者。”
2、房屋建筑物(含装修、附属物)：
(1)如果房屋建筑物为2016年4月30日前取得，则可选择简易计税法，按照取得的房屋建筑物补偿收入扣除取得房屋建筑物时的作价后的余额为销售额，按照5%的征收率计算应纳税额。也就是说，对超过取得原值部分的补偿收益缴纳。
(2)如果房屋建筑物2016年5月1日后取得，则应选择一般计税法，按照取得的房屋建筑物补偿收入作为销售额，按照11%的税率计算应纳税额，尚未抵扣完毕的待抵扣项税额，允许从当期销售税额中抵扣。
3、机器设置的补偿：
(1)若不能搬迁，经移动后即灭失，只能拆除处理，则应该按照处置使用过的固定资产计算缴纳。
(2)若搬迁后可以继续使用，收到的补偿费应该是对其搬运、安装的补偿，应分别运输服务、安装服务缴纳，搬迁时实际发生的运输服务、安装服务费进项税额可以抵扣。
4、各类补助费用补偿
对于拆迁企业收到的停工补助、搬迁补助、过渡补助费，是作为因为性搬迁对拆迁企业的性补偿，实际是支付的违约金，不属于征税范围，不征。
二、非性搬迁
企业与企业之间，企业与个人之间的市场收购转让土地使用权或处置相关资产的行为，则属于非性搬迁即商业性的搬迁。如果没有部门拆迁公告及搬迁收回土地使用权的正式文件，对于具有该土地使用权的单位和个人通过市场行为转让的土地使用权及土地的建筑物等取得的收入应该按照“转让土地使用权”或“销售不动产”税目缴纳。
法律依据:
《中华人民共和国土地暂行条例》 第 有下列情形之一的，免征土地：
（一）纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额20%的；
（二）因国家建设需要依法征收、收回的房地产。
