普通丢失的处理方式：
1、使用的单位和个人丢失，应当与丢失当日或次日，节假日顺延，书面报告主管税务机关，并向主管税务机关指定的报刊等媒介刊登公告声明作废。纳税人丢失办理丢失声明的，必须在具有全国报刊号的报纸上刊登；
2、开具一方丢失已填开的联，应重新开具交对方入账。重新开具时，应在备注栏填写丢失的客户名称、种类代码和号码、金额，开票单位。开具方记账时附上丢失的其他联次作为合法入账凭证；
3、取得一方丢失已填开的联，应取得原签发单位盖有公章的证明，并注明原来的号码、金额和内容等、由经办单位负责人批准后，才能代做原始凭证。
普通作废流程：
1、当月发现错误的，在税控系统中找到错误，双击，然后点击作废就可以了；
2、根据需要可以重新开具新，注意作废的联次要齐全，然后盖上公司统一的作废章；
3、如果是需要跨月作废的，需要在税控系统中输入代码。然后开具红字，最后账务处理的时候把收入红冲掉就可以了。
综合上述，一般纳税人丢失已开具专用的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用联认证，专用联复印件留存备查；一般纳税人丢失已开具专用的联，可将专用抵扣联作为记账凭证，专用抵扣联复印件留存备查。
【法律依据】：
《中华人民共和国管理办法》 第二条
在中华人民共和国境内印制、领购、开具、取得、保管、缴销的单位和个人，以下称印制、使用的单位和个人，必须遵守本办法。
《中华人民共和国管理办法》 第二十九条
开具的单位和个人应当按照税务机关的规定存放和保管，不得擅自损毁。已经开具的存根联和登记簿，应当保存5年。保存期满，报经税务机关查验后销毁。
