《中华人民共和国农民专业合作社法》第二条
：本法所称农民专业合作社，是指在农村家庭承包经营基础上，农产品的生产经营者或者农业生产经营服务的提供者、利用者，自愿联合、民主管理的互助性经济组织。
第七条国家保障农民专业合作社享有与其他市场主体平等的法律地位。国家保护农民专业合作社及其成员的合法权益，任何单位和个人不得侵犯。
从上述规定可以看出，农业合作社是合法的互助性经济组织，享有跟其他市场主体比如企业同等的法律地位。王先生的合作社有合法的营业执照，属于合法经营，应当受到法律保护。正常企业拆迁中，停业损失补偿是必不可少的一项补偿。那么王先生的农业合作社被征收，合法经营受到破坏，应当也要进行停业损失补偿才算合法。
一、对于家庭承包土地来说，在实际操作过程中必须注意的内容
1、入股应在承包方之间进行，不包括将土地承包经营权量化为股份，投入到从事农业生产的工商企业或者公司，也不包括将土地承包经营权作为投资成立农业经营公司。
2、土地承包经营权入股是农户以入股形式组织在一起，从事农业合作生产，收益按照股份分配，而不是将土地承包经营权入股作为赚钱经营回报的投资。
3、目前我国不少地区已经展开了土地承包经营权入股农民专业合作社的实践，比如《浙江省农村土地承包经营权作价出资农民专业合作社登记暂行办法》，明确允许农民以土地承包经营权入股成立农民专业合作社。其第3条规定，以家庭承包或通过招标、拍卖、公开协商等其他方式承包农村土地，经依法登记取得农村土地承包经营权证的，其农村土地承包经营权均可以依法向农民专业合作社作价出资。
二、农民专业合作社可以作为公司股东吗
农民专业合作社可以做公司的股东。
农民专业合作社法赋予了农民专业合作社与公司、企业等经济体同等法律地位、法人地位、经济地位。农民专业合作社也和其他公司等经济体一样，甲公司可以投资乙公司，成为乙公司的股东。
法人原则与有限责任原则作为现代企业法人制度中的基本制度，其法理依据是为在股东与公司债权人之间达成一种风险与权利的平衡。
股东作为投资者享有所有者的分享收益、重大决策和选择管理者等权利。推动经济的发展效果。促进资金的横向融通和经济的横向联系，提高资源配置的总体效益。
