1、对直接受理的案件的侦查适用刑诉法关于机关侦查的规定。
2、决定拘留犯罪嫌疑人只有犯罪后企图自杀、逃跑或者在逃的和有毁灭、伪造证据或者串供可能的两种的情形。由机关执行拘留。必要时，可以协助机关执行。
3、对决定拘留的犯罪嫌疑人，应当在拘留后的24小时内通知（家属或单位）、讯问。在发现不应当拘留的时候，必须立即释放，发给释放证明。对需要逮捕而证据还不充足的，可以取保候审或监视居住。
4、对于直接受理的案件中被拘留的人，认为需要逮捕的，应当在10日以内作出决定。在特殊情况下，决定逮捕的时间可以延长1-4日。对于不需要逮捕的，应当立即释放；对于需要继续侦查，并符合取保候审、监视居住条件的，应当取保候审或监视居住。
5、终结后的处理
侦查终结的案件，应当作出提起公诉、不起诉或者撤销案件的决定。
（1）侦查终结，对于符合提起公诉或不起诉条件的案件，由侦查部门制作《起诉意见书》或《不起诉意见书》，连同其他案卷材料一并移送审查起诉部门，由审查起诉部门进行审查，再根据审查起诉的程序，作出提起公诉或不起诉的决定。
特别关注：机关不能制作《不起诉意见书》。
（2）侦查终结，应当撤销案件的，侦查部门应当制作《撤销案件意见书》，报经检察长或检察委员会讨论决定后撤销案件。撤销案件的决定，应当分别送达犯罪嫌疑人所在单位和犯罪嫌疑人。如果犯罪嫌疑人在押，应当书面通知机关依法释放。
【本文关联的相关法律依据】
《刑事诉讼法》第十九条，刑事案件的侦查由机关进行，法律另有规定的除外。
人民在对诉讼活动实行法律监督中发现的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，可以由人民立案侦查。对于机关管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件，需要由人民直接受理的时候，经省级以上人民决定，可以由人民立案侦查。
自诉案件，由人民直接受理。
