用人单位扣发劳动者工资是违法的。
用人单位不得克扣劳动者工资，有下列情形之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
1、用人单位代扣代缴的劳动者个人所得税；
2、用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项保险费用；
3、判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
4、法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
单位无故克扣工资是违法行为，劳动者可以到劳动行政部门举报（通常是劳动管理监察大队），也可以直接申请仲裁。根据规定用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
1、克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
2、拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
3、低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
4、解除劳动合同后，未依照规定给予劳动者经济补偿的。
克扣工资不包括以下情况：
1、国家法律、行规中有明确规定的；
2、依法签订的劳动合同中明确规定的；
3、已制订并且经过职工代表大会批准的用人单位内部规章制度中规定的；
4、用人单位工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时就业者工资必须下浮的；
5、就业者请事假减发的工资等。
综上所述，用人单位扣发员工工资的情况比较多，而要是因为单位要代缴社保费用的话，此时的扣发就是合法的。但如果是因为员工的一些其他行为而扣发工资就不具有合法性了，此时员工可以要求单位作出合理的解释，并返还被扣发的工资。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动法》第五十条
工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
第九十一条
用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
