如果被征收土地的所有权人、使用权人对补偿标准有争议的，即进入争议协调、裁决程序。需要指出的是，除了补偿标准外，被征收土地的所有权人、使用权人不得对征地补偿安置方案的其他内容提出异议。但是，即使被征收土地的所有权人、使用权人提出了征地补偿、安置争议，也不影响征用土地方案的实施。如同行政复议、行政诉讼不停止执行所争议的具体行政行为一样。不同的是，这里没有可以停止执行的例外情形。
(1)协调。对补偿标准有争议的，由县级以上地方协调。协调，即协商调解，属于非诉讼解决争议
(ADR)的一种方法。《土地管理法》、《土地管理法实施条例》对协调的具体步骤没有特别规定，由主持协调的裁量确定。协调程序简便灵活，如能够解决争议，与诉讼相比，则它具有低成本、高效率的特点。
(2)裁决。如对补偿标准争议协调不成的，则由批准征用土地的裁决。依照《土地管理法》的规定，这里的批准征用土地的是指和省级。裁决程序如何进行，《土地管理法》、《土地管理法实施条例》都没有具体规定。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国土地管理法实施条例》第二十五条
征收土地方案经依法批准后，由被征收土地所在地的市、县组织实施，并将批准征地机关、批准文号、征收土地的用途、范围、面积以及征地补偿标准、农业人员安置办法和办理征地补偿的期限等，在被征收土地所在地的乡（镇）、村予以公告。
被征收土地的所有权人、使用权人应当在公告规定的期限内，持土地权属证书到公告指定的土地行政主管部门办理征地补偿登记。
市、县土地行政主管部门根据经批准的征收土地方案，会同有关部门拟订征地补偿、安置方案，在被征收土地所在地的乡（镇）、村予以公告，听取被征收土地的农村集体经济组织和农民的意见。征地补偿、安置方案报市、县批准后，由市、县土地行政主管部门组织实施。对补偿标准有争议的，由县级以上地方协调；协调不成的，由批准征收土地的裁决。
