机关对案件立案后，应该组织警力对案件进行侦查，抓捕嫌疑人，收集与案件有关的证据。
《机关办理刑事案件程序规定》
第一百七十机关接受案件后，经审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任，且属于自己管辖的，经县级以上机关负责人批准，予以立案；认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微不需要追究刑事责任，或者具有其他依法不追究刑事责任情形的，经县级以上机关负责人批准，不予立案。
对有控告人的案件，决定不予立案的，机关应当制作不予立案通知书，并在三日以内送达控告人。
决定不予立案后又发现新的事实或者证据，或者发现原认定事实错误，需要追究刑事责任的，应当及时立案处理。
第一百九十一条机关对已经立案的刑事案件，应当及时进行侦查，全面、客观地收集、调取犯罪嫌疑人有罪或者无罪、罪轻或者罪重的证据材料。
一、哪些案件由机关立案
犯罪是对社会秩序、公共安全的最严重侵犯，机关正是国家的治安保卫机关，肩负着维护社会秩序、保卫公共安全的责任。另一方面，机关具有同犯罪作斗争的丰富经验和必要的专门侦查手段、资源，亦使得其能够担负起侦查绝大多数案件的重任。因此，相对于和，立案管辖的案件一般来说是最多的。刑事案件的侦查由机关进行，法律另有规定的除外。
法律另有规定的有：
(1)由人民直接受理，不需要经过侦查的自诉案件；
(2)由人民直接立案侦查的案件；
(3)由保卫部门负责侦查的内部发生的刑事案件；
(4)由机关立案侦查的间谍案；
(5)由监狱立案侦查的罪犯在监狱内犯罪的案件。
需要特别注意的是，涉税案件、破坏经济秩序罪由机关管辖，人民不应受理；伪证罪、拒不执行判决、裁定罪由机关立案侦查，而不应由人民直接受理。
另外，对于自诉案件的第二类，被害人向人民起诉后，人民认为证据不足、可由机关受理的，应当移送机关立案侦查。被害人向机关控告的，机关应当受理。
