滞留产生的原因主要有以下几个方面：
1.属于购进免税货物用，专用不得认证;
2.属于购进非应税项目用，专用不得认证;
3.销货方未将专用交给购货方，造成存根联滞留;
4.购货方接到专用超过180日认证期而无法认证抵扣，造成存根联滞留;
5.购货方在小规模纳税人期间取得对方开具的专用不能抵扣;
6.购货方发生走逃或注销。
一般情况下，专用票的税务管理很严格，税局一旦发现问题会予以追究。实际中，各地税局会要求存在滞留的公司必须对滞留的原因加以说明，同时也会对存在疑点的公司进行现场检查。有些公司存在滞留，目的是想偷漏税，隐瞒销售收入同时隐瞒抵扣，使税负从表面上看与正常公司相符，这就造成很多该抵扣的不去税局抵扣，造成滞留。
以上，我们了解了滞留产生的原因，那么，企业应如何正确处理滞留呢?
1、企业若取得不能抵扣的专用，一个途经是要销货方重新开具普通，另一个途经是把拿去认证抵扣，但同时做全额进项转出。
2、购货方购进属于免税货物用、非应税项目用，要求销货方开具普通。
3、购货方属于小规模纳税人期间，要求销货方开具普通。
4、购货方接到专用超过180日认证期而无法认证抵扣，购货方要自我检讨一下管理流程，应在180日内尽快认证。
