1、适用本罪时，应注意区分伪造、变造、转让金融机构经营许可证罪与伪造、变造、买卖机关公文、证件、印章罪及盗窃、抢夺、毁灭国家机关公文、证件、印章罪的界限。
1、侵犯的客体不同。前者侵犯的是国家的金融管理制度;后者侵犯的是国家机关、企业事业单位、人民团体的正常管理活动。
2、犯罪对象不完全相同。前者的对象是金融机构经营许可证;后者的对象是公文、证件和印章。金融机构经营许可证当然也是一种证件，因而两者在犯罪对象上有交叉。
3、行为方式不完全相同。前者除伪造、变造外，尚有转让;后者除伪造、变造外，尚有买卖、盗窃、抢夺，毁灭。在实践中，如果是伪造、变造、转让金融机构经营许可证的，虽然金融机构经营许可证也居于一种证件，但由于立法上予以特别规定，因此应以伪造、变造、转让金融机构经营许可证罪论处。如果行为人盗窃、抢夺、毁灭金融机构经营许可证的，应以盗窃、抢夺、毁灭国家机关公文、证件、印章罪论处。
一、构成变造国家机关证件罪的要件是什么
构成变造国家机关证件罪的要件是：
1、本罪侵犯的对象是国家机关的正常管理活动和信誉；
2、本罪侵犯的对象为公文、证件、印章，仅限于国家机关的公文、证件和印章；
3、本罪客观上表现为伪造、变造、买家机关公文、证件、印章等行为；
4、本罪的主体是一般主体，即凡达到法定刑事责任年龄，具有刑事责任能力的人均可构成本罪。
根据《中华人民共和国刑法》规定，伪造、变造、买卖或者盗窃、抢夺、毁灭国家机关的公文、证件、印章的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
二、变造国家机关印章罪的处罚是什么
1、变造国家机关印章罪的，一般处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金。
2、属于严重犯罪情节的，则应处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
3、法律依据：《刑法》
第二百八十条【伪造、变造、买家机关公文、证件、印章罪】【盗窃、抢夺、毁灭国家机关公文、证件、印章罪】伪造、变造、买卖或者盗窃、抢夺、毁灭国家机关的公文、证件、印章的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
