工伤不能等到治疗结束认定，必须在规定时限内申请认定。
根据《工伤保险条例》第十七条、十规定，职工发生事故伤害，所在单位应当自事故伤害发生之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
用人单位未在规定的时限内提出工伤认定申请的，受伤害职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日起1年内，提出工伤认定申请。
一、不受理工伤认定情形
1、对于工伤认定未能提交充分资料，同时在行政机关发出补正通知书后规定时间内未能做出补正的，工伤认定机关理应不受理。
2、对于工伤认定超过申请时效的，除特殊原因外（具体指劳动关系的确认、医疗尚未终结等），工伤认定机关可以驳回申请，不予受理。
3、伤者或者伤者家属、用人单位对所申请的不予受理的工伤认定决定不服的，可以于60日内向当地或者高一级人力资源和社会保障行政部门提起行政复议，或者在90日内直接向当地人民提起诉讼。
二、工伤认定纷争诉讼
如果用人单位不认为是工伤或者不认可和劳动者的劳动关系，用人单位负责举证说明。《工伤保险条例》第五十五条规定：有下列情形之一的，有关单位或者个人可以依法申请行政复议，也可以依法向人民提起行政诉讼：
（一）申请工伤认定的职工或者其近亲属、该职工所在单位对工伤认定申请不予受理的决定不服的；
（二）申请工伤认定的职工或者其近亲属、该职工所在单位对工伤认定结论不服的；
（三）用人单位对经办机构确定的单位缴费费率不服的；
（四）签订服务协议的医疗机构、辅助器具配置机构认为经办机构未履行有关协议或者规定的；
（五）工伤职工或者其近亲属对经办机构核定的工伤保险待遇有异议的。
