1、建设目的不同：经济适用房的建设目的是解决低收入家庭的住房困难，商品房的目的是盈利；2、土地性质不同：经济适用住房占用的土地由按照国家优惠无偿划拨，商品房建设用地需要经过公开招标，在一定期限内取得土地使用权；3、定价不同：经济适用房的销售价格会受到的引导，而商品房的价格一般由开发商自己决定；4、购房资格的不同：大多数人都有商品房的购房资格。而经济适用房申请有严格的标准和审查程序；5、产权的不同：经济适用房的产权会受到一定的，而商品房不受。
法律依据：《经济适用住房管理办法》第二条 本办法所称经济适用住房，是指提供优惠，限定套型面积和销售价格，按照合理标准建设，面向城市低收入住房困难家庭供应，具有保障性质的性住房。本办法所称城市低收入住房困难家庭，是指城市和县所在地镇的范围内，家庭收入、住房状况等符合市、县规定条件的家庭。
