退回补充侦查的案件，只有发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的情形，才做撤销案件处理。
根据《机关办理刑事案件程序规定》第285条规定，对于退回补充侦查的案件，经县级以上机关负责人批准，机关可以根据不同情况分别作出处理。
1、对于证据不足的，机关应当在补充证据后，制作补充侦查报告书，移送审查起诉;对无法补充的证据，应当作出说明。补充侦查后即使证据依然不够充分，机关也不能自行处理，只能移送审查决定起诉或者不起诉。
2、在补充侦查过程中，机关发现新的同案犯或者新的罪行，需要追究刑事责任的，应当重新制作起诉意见书，移送审查。这时，侦查羁押期限和审查起诉期限存在重新计算的问题，但机关不能撤销原案件。
3、发现原认定的犯罪事实有重大变化，不应当追究刑事责任的，如发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者犯罪嫌疑人有刑诉法第16条六种不追究刑事责任的法定情形的，机关应当重新提出处理意见，并将处理结果通知退查的。按照刑诉法第163条的规定:在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件。只有在这种情况下，机关才能作出撤销案件决定。对于机关撤销案件的决定，检察机关应当加强监督，防止机关以罚代刑或者对证据不足案件作出撤销案件决定。
【本文关联的相关法律依据】
《刑事诉讼法》第一百七十五条规定，人民审查案件，可以要求机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民后，人民重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
