1、印制的要求不同根据《税收征管法》第二十二条规定：“由税务主管部门指定的企业印制;其他，按照主管部门的规定，分别由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制未经前款规定的税务机关指定，不得印制。”依此可知，它们是由不同的印制单位印制的。
2、使用的主体不同专用一般只能由一般纳税人领购使用，小规模纳税人需要使用的，须由税务机关批准后由当地税局代开。不过到目前为止，国家已经将住宿业、鉴证咨询业、建筑业、工业及信息传输、软件和信息技术服务业小规模纳税人纳入了可自行开具专用的试点范围，这7个行业的小规模纳税人除了销售其取得的不动产的专用需要找税局代开外，可以自行开具专用。普通由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人领购使用，甚至未办理税务登记的纳税人也可以向税务机关申请领购普通，没有特定的主体要求。
3、内容不同普通开具的内容包括：购买单位、销售单位、商品或服务名称、商品或服务的数量和单位、单价和价款、开票单位(专用章)、收款人和开票日期等。专用除了上述普通具备的内容外，还须有纳税人的税务登记号(现在是统一信用证号码)、不含税金额、税率、税额等内容，缺一不可。
4、联次不同专用由基本联次或者基本联次附加其他联次构成，基本联次由记账联、抵扣联和联组成，现在我国的专用一般为三联和六联两种。普通一般也由基本联次或者基本联次附加其他联次构成，基本联次为两联：记账联、联，我国现行普通一般分为两联和五联两种。专用和普通的具体联次见下表：
5、作用不同专用不仅只是购销双方的收付款凭证，还可以用作购买方抵扣的凭据。普通中，运费、收购农副产品、废旧物资的可以按法定税率抵扣，税控设备和维护费可全额抵扣，其他的一律不可以抵扣。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国管理办法》 第十条 应当套印全国统一监制章。全国统一监制章的式样和版面印刷的要求，由税务主管部门规定。监制章由省、自治区、直辖市税务机关制作。禁止伪造监制章。
实行不定期换版制度。
《中华人民共和国管理办法》 第七条 专用由税务主管部门确定的企业印制；其他，按照税务主管部门的规定，由省、自治区、直辖市税务机关确定的企业印制。禁止私自印制、伪造、变造。
