在务实操作中用人单位可以在法律规定、合同约定以及依法制定的劳动纪律中有明确规定的情况下扣除员工的工资。主要由以下情况：（一）依法代扣工资。(1)代扣代缴个人所得税。员工的工资收入达到纳税标准的，应当缴纳个人所得税。根据法律规定，用人单位可以从工资中扣除员工应当缴纳的个人所得税部分，代员工向税务部门缴纳。(2)代扣代缴应由个人负担的各项社会保险费用。(3)判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费。(4)法律、法规规定可以从员工工资中扣除的其他费用（二）员工违反劳动纪律或规章制度被处以纪律处分的，用人单位可以按照国家和上海市以及企业有关职工奖惩的规定，降低其工资待遇。但是扣除后的工资不得低于上海市的最低工资标准。（三）因员工本人原因给用人单位造成经济损失，并需从工资中扣除赔偿费的，扣除部分不得超过员工当月实得工资20，且扣除后的工资部分不得低于本市最低工资标准。
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