房屋登记机构不予登记的情形有：房屋未依法取得规划许可、施工许可的；房屋未按照规划许可建造的；房屋不具有合法、有效权利来源证明的；房屋申请登记事项与登记簿记载冲突的；房屋已被依法征收、没收的；房屋查封期间申请登记的等。
【法律依据】
《不动产登记暂行条例》第二十二条
登记申请有下列情形之一的，不动产登记机构应当不予登记，并书面告知申请人：
（一）违反法律、行规规定的；
（二）存在尚未解决的权属争议的；
（三）申请登记的不动产权利超过规定期限的；
（四）法律、行规规定不予登记的其他情形。
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