微生物可以进行有氧呼吸或者无氧呼吸，微生物的无氧呼吸也可称为发酵，可具体分为酒精发酵或乳酸发酵两种。微生物分解作用是微生物将有机物逐步降解，最终生成无机物返回无机环境的过程，包括细胞外分解和细胞内分解，即微生物分泌酶到细胞外，将细胞外的大分子有机物分解成小分子有机物，然后再吸收进入细胞。原生动物等通过内吞作用把大分子有机物吞入细胞内，然后在酶的催化下分解成小分子有机物和细胞呼吸。
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