分子内生成氢键，熔、沸点常降低，分子间形成氢键时，化合物的熔点、沸点显著升高。因为物质的熔沸点与分子间作用力有关，如果分子内形成氢键，那么相应的分子间的作用力就会减少, 分子内氢键会使物质熔沸点降低。
能够形成分子内氢键的物质，其分子间氢键的形成将被削弱，因此它们的熔点、沸点不如只能形成分子间氢键的物质高。硫酸、磷酸都是高沸点的无机强酸，但是由于可以生成分子内氢键的原因，却是挥发性的无机强酸，可以生成分子内氢键的邻硝基苯酚，其熔点远低于它的同分异构体对硝基苯酚。由于具有静电性质和定向性质，氢键在分子形成晶体的堆积过程中有一定作用。
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