赤藓糖醇和木糖醇的区别是获取方法不同，赤藓糖醇是一种新开发的碳糖醇，可由葡萄糖发酵制得，木糖醇原产于芬兰，是从白桦树、橡树、玉米芯、甘蔗渣等植物原料中提取出来的。
赤藓糖醇的物理特性是：密度1.451g/cm?，熔点118-120°C，沸点329-331°C，具有甜度低、稳定性高、溶解热高、溶解度高、吸湿性低等物理特点，木糖醇的物理特性是：密度是1.52g/cm?，熔点92-96℃，沸点212℃，具有极易溶于水、甜度高、溶解吸热等物理特点。
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